1、不理解政策
不少企业没有关注新的高新认定标准，对于新的标准不太了解，在准备资料的过程中，仍然按照往年的思路进行，结果资料不完备，从而导致无法通过认定。
（高新技术企业申报常见问题：缺少重要证明材料，影响评审结果。 1、 有的企业提供的是增值税纳税申报表，有的提供的是企业所得税季报申报表。 2、因压缩技术不佳，上传资料存在缺漏。）
2、准备工作不系统
部分企业认为资料准备相对简单，没有系统的安排重新认定的准备工作、投入足够的人力，结果认定准备混乱，资料无法体现企业的高新资质，最终也无法通过认定。
（高新技术企业申报常见问题：企业申报的领域不符。企业所申报的领域，不属于《国家重点支持的高新技术领域》范围内或领域选择错误，会严重影响认定结果。）
3、内部协调不足
高新认定工作涉及财务、技术、人力等诸多部门，由于事前未能统一理解高新认定的新标准，导致部门配合不协调，资料准备不一致，拖延了申报的过程、甚至无法完成年度的申报。
4、缺乏核心自主知识产权
不重视知识产权的保护，或者不想公开自己的有关技术、甚至没有知识产权的战略意识，这也间接影响了部分实质上符合高新技术企业认定要求的企业申请高新。
（高新技术企业申报常见问题：财务存在问题。 1、年度审计报告中注册会计师出具审计意见为“保留意见”； 2、企业自行修改纳税申报表，存在作假问题。）
5、研发项目缺乏科学的设计和安排
高新技术企业认定申报的项目需要符合高新申报领域的要求，且因为评价指标中对科技成果转化有数量要求，因此要求企业对研发项目进行科学的设计和安排，一方面满足实质的高新技术的要求，另一方面也要满足数量的要求; 另外，研发费用未按认定办法的要求归集，且比例难以达到认定要求，这些都会影响申报结果。
（高新技术企业申报常见问题：科技人员占比不够： 科技人员中有生产工人、市场、销售人员，剔除后人员占比不够。）
6、高新产品或服务收入占比低
有些企业产品或服务种类众多，但是并不是都能归属到高新技术的领域，所以会导致高新产品或服务的收入较低，达不到认定所需要的比例要求。
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